Включают азатиоприн, 6-меркаптопурин (6-МП), метотрексат и циклоспорин. Этот класс препаратов подавляет активность иммунной системы, таким образом, что она не может вызывать и поддерживать воспаление. Данный класс препаратов обычно принимают перорально. Иммуномодуляторы назначают пациентам, у которых прием аминосалицилатов и кортикостероидов не был эффективным или был недостаточно эффективным. Они могут быть полезны для снижения или устранения зависимости от кортикостероидов. Они также могут быть эффективными для поддержания состояния ремиссии у лиц, у которых не наблюдалось эффекты на лечение другими препаратами. До начала действия иммуномодуляторов может пройти несколько месяцев, чаще три.