Более щадящая операция. В ходе ее выполнения удаляется вся толстая кишка, кроме прямой. Конец сохраненной прямой кишки соединяется со здоровым участком тонкой кишки (илеоректальный анастомоз).  Это позволяет отказаться от формирования илеостомы. Но, к сожалению, через некоторое время неизбежно возникает рецидив ЯК, повышается риск развития рака в сохраненном участке толстой кишки. В настоящее время субтотальная колэктомия рассматривается многими хирургами как разумный первый шаг в хирургическом лечении ЯК, так как является относительно безопасной процедурой даже для критически больных. Субтотальная колэктомия позволяет уточнить патологию, исключить болезнь Крона, улучшить общее состояние пациента, нормализовать его питание и дает пациенту время тщательно обдумать выбор дальнейшего хирургического лечения (проктоколэктомия с созданием илеоанального резервуара или колэктомия с постоянной илеостомой).